主要源於其无创怀孕诊断的应用研究成果，透过分析孕妇血液取得胎儿基因，从而了解胎儿有否患上「唐氏综合症」，开创先河减低免除因入侵性DNA检测而生的流產风险。过去两年她因此多次获表扬，先后获得国际临床化学和实验室医学联合会（IFCC）「青年研究新人奖」、英国临床生物化学系讲座教授协会「杰出学人奖」今年亚太区经济合作组织会议（APEC）的「科学创新、研究及教育奖」，相关技术除获香港採用外，在美国、亚洲及欧洲部分地区亦已被视為常规临床检测方法。

以往「唐氏综合症」的怀孕DNA检测，孕妇往往要进行羊膜穿刺或绒毛DNA检测的入侵性诊断，但每200个孕妇中，就会有1人因而流產，赵慧君直言有关做法非常可惜，「因為每700个婴儿才有1人有唐氏综合症，而DNA检测风险却比患病机率还要高，令不少没有这个病胎儿因此丧生」。

师父新发现促「黄金机会」

这个原因令自身為母亲的赵慧君决心研发无创DNA检测，而当时其恩师、中大医学院副院长（研究）卢煜明的新发现，更為她带来了做研究的「黄金机会」，「师父发现胎儿基因会释放到母亲的血液内，这正是『黄金机会』，因為在新现象下还有很多东西可以被发掘。当时师父鼓励我去尝试究，利用非入侵怀孕方法，诊断隐性遗传病」。结果她就藉著孕妇血浆分析胎儿基因，创出检验胎儿是否有唐氏综合症、β-地中海贫血等的新技巧。

未来，赵慧君还打算再提升及改良无创怀孕检测技术，降低检测成本，及探讨无创怀孕检测能否应用在双生儿上，「有关情况更加复杂，希望看看单从抽血，能否分辨到母亲及两个胎儿的基因」。

以往「唐氏综合症」的產前检查，孕妇往往要进行羊膜穿刺或绒毛检查的入侵性诊断，但每200个孕妇中，就会有1人因而流產，赵慧君直言有关做法非常可惜，「因為每700个婴儿才有1人有唐氏综合症，而检查风险却比患病机率还要高，令不少没有这个病胎儿因此丧生」。